O IPDJ tem dois Gabinetes de Saúde Juvenil em funcionamento, em Faro e Portimão, que fornecem atendimento e aconselhamento confidencial e gratuito a jovens entre os 12 e os 25 anos.
Em Faro, este serviço funciona na Loja Ponto JA, na Rua da PSP, e tem disponíveis consultas de saúde sexual juvenil, às quartas-feiras, das 14h00 às 17h00, e atendimento geral em saúde juvenil, às sextas-feiras, das 11h00 às 14h00.
Mediante marcação prévia estão ainda disponíveis as consultas de psicologia clínica/psicoterapia e aconselhamento nutricional.
Já em Portimão, também com marcação, estão disponíveis, na Loja Ponto Já, no edifício do Mercado Municipal, os serviços de prescrição e avaliação da atividade física, aconselhamento alimentar e psicologia educacional.